نام پدرایشان  سید مصطفی موسوی و نام مادرش هاجر احمدی بود. وی در پنج ماهگی پدر خود را از دست داد و تحت سرپرستی مادر و عمه‌اش پرورش یافت.

گرچه سال تولد وی طبق شناسنامه سال ۱۲۷۹ است، اما خود تصریح کرده‌است، که تاریخ صحیح آن ۳۰ شهریور ماه ۱۲۸۱ است.^{[نیازمند منبع]} فوت او رسما در روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ ثبت شد گرچه وی در شامگاه ۱۳ خرداد درگذشته است.^{[نیازمند منبع]} سن او در آن هنگام ۸۷ سال بود. تشییع جنازه وی با شرکت وسیع ملت ایران و دیگر دوستدارانش از نقاط مختلف جهان صورت گرفت.
این موضوع انعکاس جهانی زیادی داشت.

فرزندان وی مصطفی، صدیقه، فریده، لطیفه، فهمیه، سعیده، و احمد هستند.اما مهمترین فرزند او از نظر سیاسی احمد است

نام پدرش سید مصطفی موسوی و نام مادرش هاجر احمدی بود. وی در پنج ماهگی پدر خود را از دست داد و تحت سرپرستی مادر و عمه‌اش پرورش یافت.

گرچه سال تولد وی طبق شناسنامه سال ۱۲۷۹ است، اما خود تصریح کرده‌است، که تاریخ صحیح آن ۳۰ شهریور ماه ۱۲۸۱ است.^{[نیازمند منبع]} فوت او رسما در روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ ثبت شد گرچه وی در شامگاه ۱۳ خرداد درگذشته است.^{[نیازمند منبع]} سن او در آن هنگام ۸۷ سال بود. تشییع جنازه وی با شرکت وسیع ملت ایران و دیگر دوستدارانش از نقاط مختلف جهان صورت گرفت.
این موضوع انعکاس جهانی زیادی داشت.

فرزندان وی مصطفی، صدیقه، فریده، لطیفه، فهمیه، سعیده، و احمد هستند.اما مهمترین فرزند او از نظر سیاسی احمد است

خمینی به گفته خود در روز ۳۰ شهریور ۱۲۸۱ خورشیدی (برابر ۱۸ جمادی الثانی ۱۳۲۰، برابر ۲۱ سپتامبر ۱۹۰۲) در شهرستان خمین از توابع اراک در ایران به دنیا آمد. وی کوچک‌ترین فرزند خانواده‌اش بود. او دو برادر و یک خواهر بزرگ‌تر داشت، که عبارت‌اند از مرتضی، نورالدین و آغازاده خانم.

مرتضی که به آیت‌الله سید مرتضی پسندیده معروف بود، تا پس از مرگ خمینی زنده بود. نورالدین نیز که روحانی بود و به سید نورالدین هندی شهرت داشت، پیش از انقلاب درگذشت و در قبرستانی قدیمی به نام گلزار شهدای قم (واقع در خیابان انقلاب یا چهار مردان شهر قم) به خاک سپرده شد که اکنون نیز سنگ قبر او با همین نام مشخص می‌باشد.^[۲]